Bioinformaticien

Le laboratoire interdisciplinaire de génomique clinique (http://www.cgl.insel.ch) réunit le diagnostic génomique et cytogénétique en génétique humaine, hématologie et chimie clinique à l'Inselspital, Hôpital universitaire de Berne, ainsi qu'à l'Institut de médecine tissulaire et de pathologie de l'Université de Berne. En utilisant des technologies de pointe, nous étudions les maladies héréditaires, les altérations génétiques dans les cellules cancéreuses et les réponses aux médicaments.

Pour renforcer notre équipe, nous recherchons un bioinformaticien motivé et désireux d'apprendre. Travaillant en étroite collaboration avec des spécialistes de diverses disciplines, vous contribuerez au diagnostic clinique de routine par séquençage de nouvelle génération (NGS) ainsi qu'au développement et à la mise en œuvre de nouvelles méthodes analytiques. Vous prendrez progressivement la responsabilité du développement, de la validation, de la maintenance et de l'amélioration continue des flux de travail cliniques NGS.

Ce que vous pouvez attendre

• Développement, validation, maintenance et dépannage des flux de travail cliniques NGS pour des panels ciblés, WES et WGS - de l'appel de variants et de l'annotation au contrôle qualité et au transfert de données
• Automatisation et optimisation de flux de travail bioinformatiques reproductibles à l'aide de scripts, de systèmes de gestion de flux de travail et d'environnements conteneurisés
• Développement et maintenance de bases de données, de métriques de qualité et d'outils de surveillance des performances de séquençage, des flux de travail et des métadonnées
• Développement supplémentaire d'applications et d'interfaces utilisateur facilitant l'accès aux données de séquençage, aux métriques de qualité et aux annotations de variants
• Intégration et optimisation des flux de travail de laboratoire dans sLIMS et garantie de l'échange de données entre les systèmes de laboratoire, les instruments et les pipelines bioinformatiques en étroite collaboration interdisciplinaire

Votre profil

• Master en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou domaine connexe, ou expérience pratique équivalente
• Bonne connaissance pratique de Python, Linux et scripting shell ainsi qu'une compréhension de base du séquençage à haut débit et des flux d'analyse associés
• Appréciation des défis techniques complexes et méthode de travail structurée, fiable et indépendante
• Enthousiasme pour l'apprentissage et motivation à développer davantage votre expertise en bioinformatique clinique et en ingénierie des flux de travail NGS
• Bonnes compétences en communication et travail d'équipe ainsi qu'une bonne maîtrise de l'allemand et de l'anglais
• Un avantage : expérience avec SQL, Nextflow, Snakemake, environnements HPC, outils d'analyse NGS, Java ou Groovy, flux de travail de diagnostic clinique, Docker ou Singularity

Ce que nous offrons

• Un travail significatif qui contribue directement aux soins des patients dans le domaine en pleine croissance de la médecine de précision
• La possibilité de travailler avec des technologies de pointe dans un environnement clinique professionnel aux normes de qualité élevées
• Une équipe interdisciplinaire et dynamique avec une culture ouverte et collaborative
• Une intégration structurée, un encadrement professionnel et des opportunités de contribuer par de nouvelles idées et de se développer personnellement et professionnellement

Des questions sur le poste ?

Pour plus d'informations, veuillez contacter Ursula Amstutz Responsable, Laboratoire de génomique clinique

+41 31 63 2 74 70