Bioinformatiker:in

Le laboratoire interdisciplinaire Clinical Genomics Lab (http://www.cgl.insel.ch) réunit le diagnostic de laboratoire génomique et cytogénétique en génétique humaine, hématologie et chimie clinique de l'Hôpital de l'Île ainsi que de l'Institut de médecine tissulaire et de pathologie de l'Université de Berne. Avec des technologies de pointe, nous étudions notamment les maladies héréditaires, les modifications génétiques dans les cellules cancéreuses et l'effet des médicaments. Pour renforcer notre équipe, nous recherchons un·e bioinformaticien·ne motivé·e et avide d'apprendre. En étroite collaboration avec différentes disciplines spécialisées, vous participerez au diagnostic clinique de routine du séquençage à haut débit (NGS) ainsi qu'au développement et à l'introduction de nouvelles analyses. Vous assumerez progressivement la responsabilité du développement, de la validation, de la maintenance et de l'amélioration continue des workflows cliniques NGS.

Ce qui vous attend

• Développement, validation, maintenance et dépannage des workflows cliniques NGS pour panels, WES et WGS - de l'appel et l'annotation des variantes au contrôle qualité et au transfert des données
• Automatisation et optimisation de workflows bioinformatiques reproductibles à l'aide de scripts, de systèmes de gestion de workflows et d'environnements conteneurisés
• Développement et maintenance de bases de données, d'indicateurs de qualité et d'outils de surveillance pour la performance du séquençage, les workflows et les métadonnées
• Amélioration des applications et interfaces utilisateur pour un accès facile aux données de séquençage, aux indicateurs de qualité et aux annotations de variantes
• Intégration et optimisation des workflows de laboratoire dans sLIMS ainsi que garantie de l'échange de données entre systèmes de laboratoire, appareils et pipelines bioinformatiques en étroite collaboration interdisciplinaire

Ce que vous apportez

• Master en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou domaine connexe, ou expérience pratique équivalente
• Bonnes connaissances pratiques en Python, Linux et scripting Shell ainsi qu'une compréhension de base du séquençage à haut débit et des workflows d'analyse associés
• Goût pour les questions techniques complexes ainsi qu'une méthode de travail structurée, fiable et autonome
• Volonté d'apprendre et motivation pour se développer progressivement dans la bioinformatique clinique et l'ingénierie des workflows NGS
• Bonnes compétences en communication et travail en équipe ainsi que bonnes connaissances en allemand et en anglais
• Atout : expérience avec SQL, Nextflow, Snakemake, environnements HPC, outils d'analyse NGS, Java ou Groovy, processus cliniques diagnostiques ainsi que Docker ou Singularity

Notre offre

• Activité porteuse de sens avec une contribution directe aux soins des patients dans le domaine en croissance de la médecine de précision
• Travail avec des technologies de pointe dans un environnement clinique professionnel avec des normes de qualité élevées
• Équipe interdisciplinaire dynamique avec une collaboration ouverte et coopérative
• Intégration structurée, accompagnement professionnel et espace pour de nouvelles idées ainsi que développement personnel

Des questions sur le poste ?

Pour plus d'informations, veuillez contacter Ursula Amstutz, responsable du CGL

+41 31 63 2 74 70