Assistant de recherche (80-100 %, h/f/d) « Extension de la surveillance de la biodiversité benthique à l’aide de la vision par ordinateur » (poste de 2 ans, initiative BiMo Eawag-WSL)

Eawag est un institut de recherche aquatique en Suisse. Rejoignez un environnement dynamique et innovant.

Tâches

• Établir une base de données d'images d'invertébrés benthiques.

• Utiliser des outils d'IA pour identifier les taxons et estimer les tailles.

• Participer à des travaux de terrain dans des lacs suisses.

Compétences

• Diplôme en écologie, biologie évolutive ou sciences de la biodiversité.

• Expertise en taxonomie des macrozoobenthos.

• Compétences en Python ou R et gestion de données.

Eawag, l’Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques, est un institut de recherche aquatique internationalement connecté au sein du domaine ETH (Instituts fédéraux suisses de technologie). Eawag mène des recherches, dispense des formations et offre des conseils d’experts afin d’atteindre les doubles objectifs de répondre aux besoins humains directs en eau et de maintenir la fonction et l’intégrité des écosystèmes aquatiques.

Assistant de recherche (80-100 %, h/f/d) “Extension de la surveillance de la biodiversité benthique à l’aide de la vision par ordinateur” (poste de 2 ans, initiative BiMo Eawag-WSL)

Dans le cadre d’une collaboration Eawag-WSL sur la surveillance innovante de la biodiversité (initiative BiMo), le laboratoire Matthews à Eawag et le groupe de macroécologie dynamique à WSL recherchent un(e)

Un élément clé d’une stratégie efficace de biodiversité est une surveillance rapide et évolutive. Au niveau institutionnel, Eawag et WSL possèdent une expertise et une expérience étendues dans les approches innovantes de surveillance de la biodiversité. Dans un développement coordonné, l’initiative novatrice de surveillance de la biodiversité (BiMo) vise à renforcer ce portefeuille de recherche et à générer une mise en œuvre pratique efficace. Le projet met fortement l’accent sur le développement de méthodes et des résultats ayant une grande pertinence pour les parties prenantes. Avec deux autres projets sur la télédétection et l’eDNA, l’initiative BiMo renforcera les capacités d’Eawag et de WSL pour développer et mettre en œuvre des méthodes de surveillance de la biodiversité.

Dans ce projet, vous établirez une base de données d’images d’échantillons d’invertébrés benthiques provenant d’écosystèmes d’eau douce. Les invertébrés benthiques sont un composant central des écosystèmes d’eau douce, mais la variation morphologique et la complexité taxonomique entravent une surveillance à haut débit de la diversité taxonomique et fonctionnelle. La base de données d’images sera constituée à partir de plusieurs sources, y compris de nouvelles images prises à partir d’échantillons conservés en musée et d’images existantes provenant de dépôts mondiaux et de collections de recherche privées. La base de données sera ensuite utilisée pour entraîner des outils d’IA robustes afin d’identifier les taxons et de générer des estimations de la distribution des tailles pour les populations et les communautés.

Ce projet s’appuie sur des flux de travail précédemment développés pour l’acquisition d’images et la segmentation des organismes et sera développé davantage pour la classification taxonomique et la quantification des tailles.

Nous recherchons un(e) candidat(e) motivé(e) avec une certaine expertise taxonomique en macrozoobenthos en général, et dans des groupes importants tels que les Ephéméroptères, Plécoptères et Trichoptères en particulier. Des images seront acquises à partir de milliers d’échantillons, puis organisées et analysées à l’aide de scripts Python personnalisés. Un travail de terrain sera également nécessaire pour rejoindre des équipes de chercheurs collectant des échantillons dans des lacs suisses.

Le/la candidat(e) retenu(e) possède un diplôme de Bachelor ou Master en écologie, biologie évolutive, sciences de la biodiversité ou dans un domaine scientifique étroitement lié. Vous avez une certaine expertise taxonomique pour le macrozoobenthos et le zooplancton. Vous pouvez effectuer des travaux de terrain en milieu alpin suisse et, idéalement, avez de l’expérience dans l’utilisation de langages de script (par exemple, Python, R), la gestion des données et l’apprentissage automatique. La langue de travail dans les groupes est l’anglais. La maîtrise orale et écrite est requise.

Le projet est dirigé par Dr Blake Matthews (Eawag/UZH), et Dr Philipp Brun (WSL), en collaboration avec Dr Francesco Pomati (Eawag), Dr Catherine Graham (WSL), Dr Moritz Luerig, et Dr Marco Baity-Jesi (Eawag). Ce poste sera basé dans le groupe du Dr Blake Matthews (www.blakematthewslab.com) à Eawag (Kastanienbaum, canton de Lucerne, Suisse). Le poste est entièrement financé pour deux ans et devrait débuter au premier trimestre 2026.

Eawag est un employeur moderne offrant un excellent environnement de travail où le personnel peut apporter ses forces, son expérience et ses modes de pensée. Nous promouvons l’égalité des genres et nous engageons en faveur de la diversité et de l’inclusion du personnel. La conciliation entre carrière et famille est pour nous d’une importance centrale. Pour plus d’informations sur Eawag et nos conditions de travail, veuillez consulter www.eawag.ch et www.eawag.ch/en/aboutus/working/employment.

Les candidatures doivent être soumises avant le 30 novembre 2025 et doivent inclure une lettre décrivant vos intérêts et leur pertinence pour ce poste, un CV complet, les diplômes universitaires, ainsi que les noms et coordonnées de trois références (le tout dans un seul fichier pdf).

Pour plus d’informations, veuillez contacter Dr Blake Matthews.

Nous attendons votre candidature avec impatience. Veuillez l’envoyer via cette page web, toute autre forme de candidature ne sera pas prise en compte. Un clic sur le bouton ci-dessous vous mènera directement au formulaire de candidature.

Eawag : Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques